Ошибки компоновщика ld, такие как "ld: cannot find /lib64/libpthread.so.0" и "ld: cannot find /usr/lib64/libpthread_nonshared.a", часто возникают при попытке установить или собрать программное обеспечение в средах Linux, особенно когда используется conda или кастомные компиляторы. Эти сообщения указывают на то, что компоновщик (linker) не может найти необходимые файлы библиотек, которые требуются для корректной сборки и запуска программ.
Понимание того, почему возникает такая ошибка и как её устранить, поможет избежать множества проблем с разработкой и установкой программ. Прежде всего важно понять роль библиотек libpthread.so.0 и libpthread_nonshared.a.
Первая из них - это динамическая библиотека каноничной реализации POSIX Threads (потоков) для Linux. Вторая - статическая и частиально несвязанная с динамической библиотекой часть pthread, которая также необходима компоновщику во время сборки программ, использующих многопоточность. Отсутствие этих файлов в ожидаемых путях /lib64/ и /usr/lib64/ приводит к ошибкам сборки, так как linker не может найти нужные для связывания объекты. Одной из основных причин возникновения подобных ошибок является использование среды conda или нестандартной среды разработки, где пути к системным библиотекам не совпадают с ожиданиями компилятора. При работе в изолированных средах, таких как созданные conda, пути к библиотекам могут отличаться, а системные ссылки и символьные ссылки могут отсутствовать.
В результате стандартный компоновщик пытается обратиться к отсутствующим в среде путям, вызывая ошибку. Чтобы решить эту проблему можно применять несколько подходов. Самый простой и эффективный - установить подходящий набор инструментов сборки через conda, например пакет gxx с конкретной версией компилятора, которая уже настроена для работы внутри данной среды. Использование команды conda install 'gxx=9.5.
0' позволяет установить компилятор, который знает правильные пути к библиотекам и умеет с ними работать. После установки правильного компилятора желательно явно указать параметры окружения, чтобы linker использовал корректные sysroot и пути. Например, в Linux можно задать переменную окружения CFLAGS как -Wl,sysroot=<путь_к_среде_conda>, где путь к sysroot указывает на корневой каталог среды conda, в котором находятся нужные библиотеки и заголовочные файлы. Такой подход обеспечивает корректную привязку и поиск библиотек во время сборки. Если при сборке возникает ошибка, связанная с отсутствием libpthread.
so.0 или libpthread_nonshared.a, можно попробовать проверить наличие символьных ссылок в стандартных директориях /lib64/ и /usr/lib64/. Часто проблема возникает из-за того, что файлы библиотек находятся в других каталогах, например в /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ или аналогичной системной папке, но отсутствуют ссылки на них в ожидаемых директориях. Создание недостающих символических ссылок может решить проблему.
Следует использовать команды типа ln -s, чтобы связать нужные файлы. Однако такое вмешательство требует осторожности, особенно в системах с разными версиями библиотек. Для систем, использующих пакетный менеджер yum, dnf или apt, проверьте, установлены ли системные пакеты с библиотеками pthread. В дистрибутивах на базе Ubuntu/Debian пакет libc6-dev отвечает за предоставление необходимых заголовков и библиотек POSIX Threads. В RedHat-подобных системах это может быть glibc-devel.
Установка или переустановка этих пакетов обеспечивает наличие нужных файлов. Кроме установки системных пакетов, может понадобиться пересобрать или настроить компилятор, если он ссылается на некорректные пути. В некоторых случаях, использование флагов компилятора и сборщика для указания правильных каталогов, например -L для поиска библиотек и -I для поиска заголовков, помогает избежать ошибок. Дополнительно стоит проверить, не мешают ли настройки оболочки или переменные окружения C_INCLUDE_PATH, LIBRARY_PATH, LD_LIBRARY_PATH правильной работе компилятора и linker'а. Иногда их несоответствие может привести к поиску библиотек в неправильных местах.
Важно отметить, что работа с окружениями conda требует аккуратного подхода. Также для сборки пакетов с расширенным использованием C/C++ кода, таких как OpenFold, стоит внимательно следить за рекомендациями разработчиков в их документации и issue-трекерах, где могут быть актуальные способы решения проблем с зависимостями и компиляторами под конкретную версию среды. В заключение, ошибка ld: cannot find /lib64/libpthread.so.0 обычно вызвана несоответствием путей поиска библиотек в среде сборки и отсутствием нужных файлов или ссылок в этих путях.
Установка правильной версии компилятора через conda, настройка переменных окружения, проверка системных пакетов и корректировка путей поиска позволят успешно исправить проблему и обеспечить стабильную сборку проектов. Понимание особенностей среды, в которой происходит сборка, и внимательное следование рекомендациям по настройке инструментов разработки помогут избежать подобных ошибок в будущем. .
